El Instituto de Investigación del Sida IrsiCaixa, centro impulsado por La Caixa y el Departamento de Salud de la Generalitat de Cataluña, ha creado una web que proporciona una visión detallada de cómo las variantes del SARS-CoV-2 van evolucionando en España.
La herramienta, llamada CovidTag, permite obtener el número total de muestras secuenciadas en cada región. La actualización semanal de la información es posible gracias a la base de datos de la plataforma Gisaid, que ofrece datos genómicos globales relacionados con el SARS-CoV-2.
“Desde el inicio de la pandemia hasta ahora se han secuenciado en España más de 20.000 muestras de SARS-CoV-2”, explica Marc Noguera-Julian, investigador asociado a IrsiCaixa y uno de los creadores de esta herramienta. “El objetivo de esta web es compartir con todo el mundo y en directo la situación actual de la pandemia en España, haciendo un seguimiento geográfico de las diferentes variantes que van apareciendo”, añade.
CovidTag destaca por permitir al usuario comparar la evolución de las variantes del SARS-CoV-2 entre las diferentes comunidades autónomas, así como contrastar la situación de una comunidad en concreto con la de España en general. La comparación es posible gracias a unos gráficos que muestran la prevalencia de las diferentes variantes en cada región a lo largo del tiempo. Los datos se actualizan semanalmente, y eso permite a CovidTag proporcionar una imagen vigente de la situación pandémica del país.
“La cantidad de muestras secuenciadas puede ser muy dispar entre comunidades autónomas, y eso hay que tenerlo en mente a la hora de interpretar las frecuencias de las variantes en cada región”, remarca Francesc Català, data engineer en IrsiCaixa y uno de los creadores de CovidTag. “Cuantas más muestras haya secuenciado una comunidad autónoma, más representativa será la prevalencia de cada variante en aquel territorio”, aclara. De hecho, en comparación con el inicio de la pandemia, se observa un aumento en el número de genomas del SARS-CoV-2 secuenciados en España.
Gracias a esta nueva herramienta es posible ver cómo las nuevas variantes que van apareciendo van desplazando a las anteriores. Por ejemplo, la variante B.1.177 (según la nomenclatura de Pango lineages), que es la que predominaba en España en 2020, está perdiendo presencia a favor de la variante B.1.1.7, conocida como ‘variante británica’. También se observa que Navarra es la comunidad autónoma que más muestras está secuenciando por habitante, y que Cataluña es la región con más muestras totales secuenciadas de toda España.
Gracias a su información, CovidTag es potencialmente útil no solo para el personal sanitario e investigador a la hora de implementar estrategias de prevención y diseñar estudios, respectivamente, sino también para la población general interesada en hacer un seguimiento actualizado del SARS-CoV-2.
“Una de las cosas que nos ha enseñado esta pandemia es la necesidad de tomar medidas de restricción a tiempo con tal de contener el virus y evitar al máximo la aparición de nuevas variantes”, comenta Roger Paredes, investigador principal en IrsiCaixa. “Herramientas como CovidTag son esenciales para implementar acciones de contención de manera anticipada, ya que gracias a ellas se pueden tomar decisiones de manera informada y prevenir la aparición de nuevas variantes o la expansión de las que ya existen”, concluye.
